caehelper module

Funzioni helper per il progetto CAE

caehelper.blender(img1, img2, weight_1, weight_2)

Funzione per sovraimporre due immagini con sfumatura

Parameters

• img1 (array numpy) – immagine da sovrapporre

• img2 (array numpy) – immagine da svrapporre

• weight_1 (int or float) – valore di sfumatura di img1

• weight_2 (int or float) – valore di sfumatura di img2

Returns

restituisce l’immagine sovrapposta

Return type

array

caehelper.dice(pred, true, k=1)

Funzione per calcolare l’indice di Dice

Parameters

• pred (array numpy) – immagini predette dal modello

• true (array numpy) – immagini target

• k (int) – valore pixel true della maschera

Returns

restituisce il valore di Dice

Return type

float

caehelper.dice_vectorized(pred, true, k=1)

Versione vettorizzata per calcolare il coefficiente di dice

Parameters

• pred (array numpy) – immagini predette dal modello

• true (array numpy) – immagini target

• k (int) – valore pixel true della maschera

Returns

restituisce il dice medio

Return type

float

caehelper.dict_update_radiomics(data_path, dictionary)

Funzione per unire i vari dizionari creati con radiomic_dooer per poi creare il dataframe

Parameters

• data_path (str) – percorso del pickle da aprire

• dictionary (dict) – dizionario generale del dataframe

Returns

restituisce il dizionario aggiornato

Return type

dict

caehelper.heatmap(input_image, model, show=True)

Funzione che mostra la heatmap dell’ultimo layer convoluzionale prima del classificatore senza funzionalità radiomiche

Parameters

• input_image (array numpy) – immagine da segmentare

• model (str) – modello allenato

Returns

Plotta la heatmap sovrapposta e l’immagine, restituisce la heatmap

Return type

array

caehelper.heatmap_rad(input_image, feature, model, show=True)

Funzione che mostra la heatmap dell’ultimo layer convoluzionale prima del classificatore con funzionalità radiomiche

Parameters

• input_image (array numpy) – immagine da segmentare

• feature (array numpy) – feature estratte con pyradiomics

• model (class) – modello allenato

Returns

Plotta la heatmap sovrapposta e l’immagine, restituisce la heatmap

Return type

array

caehelper.modelviewer(model)

Funzione per visualizzare l’andamento della loss di training e validazione per l’autoencoder e per il classificatore :type model: str :param model: history del modello di Keras ottenuto dalla funzione

caehelper.otsu(image, n_items=2)

Funzione che implementa l’algoritmo di Otsu per la segmentazione

Parameters

• fper – immagine da segmentare

• n_items (int) – numero di oggetti da segmentare nell’immagine

Returns

restituisce l’immagine binarizzata

Return type

array

caehelper.plot_roc_curve(fper, tper, auc)

Funzione che fa il plot della curva roc

Parameters

• fper (float) – percentuale falsi positivi

• tper (float) – percentuale veri positivi

caehelper.radiomic_dooer(list_test, endpath, lab, extrc)

Funzione per estrarre le feature con pyradiomics e salvarle in un dizionario.

Parameters

• list_test (list) – lista con path immagine e relativa maschera normalizzata

• endpath (str) – cartella dove si salva il pickle del dizionario

• lab (int) – label per indicare la maschera, va da 1 a 255

Extrc type

str

Extr param

classe estrattore di pyradiomics

Returns

dopo aver salvato il pickle, restituisce il tempo impiegato

Return type

str

caehelper.read_dataset(dataset_path, ext, benign_label, malign_label, x_id='_resized', y_id='_mass_mask', sort=True)

Data la cartella con le maschere e le immagini, restituisce i vettori con le immagini, le maschere e le classi. Restituisce i vettori come tensori da dare alla rete.

Parameters

• dataset_path (str) – Cartella con le immagini e le relative maschere

• data_path (str) – percorso della cartella dove si trova la maschera

• ext (str) – stringa identificativa dell’estenzione delle immagini e maschere

• x_id (str) – identificativo delle immagini

• x_id – identificativo delle maschere

• benign_label (str) – identificativo delle masse benigne

• malign_label (str) – identificativo delle masse maligne

• sort (bool) – ordina le maschere con indice crescente

Returns

restituisce i vettori con le immagini, le maschere e le classi

Return type

array

caehelper.read_dataset_big(dataset_path_mass, dataset_path_mask, benign_label, malign_label, ext='png', sort=True)

Versione di read_dataset per il dataset del TCIA. Data la cartella con le maschere e le immagini, restituisce i vettori con i filepath delle immagini, le maschere e le classi.

Parameters

• dataset_path_mass (str) – Cartella con le immagini

• dataset_path_mask (str) – percorso della cartella dove si trovano le maschera

• ext (str) – stringa identificativa dell’estenzione delle immagini e maschere

• sort (bool) – ordina le maschere con indice crescente

Returns

restituisce i vettori con i path delle immagini, le maschere e le classi

Return type

array

caehelper.read_pgm_as_sitk(image_path)

Legge un .pgm come una immagine Simple ITK

Parameters

image_path (str) – path dell’immagine voluta

Returns

restituisce l’immagine da far leggere a pyradiomics

Return type

array

caehelper.save_newext(file_name, data_path, ext1, ext2, endpath)

Riscrive le immagini in formato leggibile per pyradiomics :type file_name: str :param file_path: nome del file della immagine

Parameters

• data_path (str) – percorso della cartella dove si trova la immagine

• ext1 (str) – stringa identificativa dell’estenzione di partenza della immagine

• ext2 (str) – stringa identificativa dell’estenzione finale della immagine

• endpath (str) – percorso della cartella di arrivo

Returns

dopo aver salvato il nuovo file, restituisce l’esito

Return type

bool

caehelper.unit_masks(file_name, data_path, ext1, ext2, endpath)

Normalizza i valori dei pixel delle maschere. Permette di cambiare l’estenzione.

Parameters

• file_path – nome del file della maschera

• data_path (str) – percorso della cartella dove si trova la maschera

• ext1 (str) – stringa identificativa dell’estenzione di partenza della maschera

• ext2 (str) – stringa identificativa dell’estenzione finale della maschera

• endpath (str) – percorso della cartella di arrivo

Returns

dopo aver salvato il nuovo file, restituisce l’esito e l’immagine

Return type

bool, array